كثيرا ما يتبادر للذهن، أن هناك وحدة فى النظام القانون لكل من الجامعات والمؤسسات العلمية، هذا على الرغم من استقلالية كل منهما عن الآخر. اعتقاد غير صحيح، رسخته أوجه التشابه الشديد بين نظام كل منهما، فى حين كانت أوجه الاختلاف فيما بينهما واضحة منذ الوهلة الأولى. ولا نستطيع ان ننسى، فى الفترة الماضية من العهد القريب، ما كان يثار ويتم تحريكه من قضايا أمام القضاء بشأن الحقوق المالية ، والمطالبة بتفعيل توحد بعض الشروط المالية بين المؤسسات العلمية والجامعات.
نظام الباحثين العلميين في المؤسسات العلمية له قانونه الخاص (القانون رقم 69 لسنة 1973) والذي يحكم عملهم، وهو مستقل عن قانون تنظيم الجامعات (القانون رقم 49 لسنة 1972). ومع ذلك، توجد بعض التداخلات القانونية، مثل تطبيق بعض أحكام قانون الجامعات على المؤسسات العلمية أو استنارة المحاكم بها، خاصة فيما يتعلق بالحقوق المالية .
أوجه التشابه والاختلاف بين النظامين، تتجلى فى كل من: (أولا) النظام القانونى الخاص: لكل من الجامعات والمؤسسات العلمية نظامها القانوني الخاص بها. قانون تنظيم الجامعات هو الأساس للجامعات، بينما قانون نظام الباحثين العلميين في المؤسسات العلمية هو المرجع الأساسي للمؤسسات العلمية. (ثانيا) التداخل القانوني: بعض أحكام قانون تنظيم الجامعات تُطبق على المؤسسات العلمية، خاصة في بعض الجوانب مثل المكافآت والبدلات والمعاشات، وذلك بموجب أحكام قضائية أو قرارات وزارية. (ثالثا) الاستقلالية القانونية : على الرغم من وجود بعض التداخلات، فإن القوانين تحافظ على استقلالية كل نظام عن الآخر. (رابعا) الاستناد إلى المبادئ القانونية: في بعض الحالات، تستعين المؤسسات العلمية بقانون تنظيم الجامعات في سياق أحكام قانون الباحثين العلميين في المؤسسات العلمية. وهنا تنطلق بعص الأمثلة على التداخل القانوني: (أولا) الإعارة: يجوز للمؤسسات العلمية إعارة العاملين لديها، على أن تحسب مدة الإعارة في المكافأة أو المعاش، وهذا الحكم مقتبس من قانون الجامعات. (ثانيا) الحقوق المالية: تستفيد المؤسسات العلمية من الحقوق المالية الواردة في قانون الجامعات، مما يوحد بعض الشروط المالية بين المؤسسات العلمية والجامعات. (ثالثا) التطبيق القضائي: تم الاستناد إلى قانون تنظيم الجامعات في الأحكام القضائية التي تطبق قانون الباحثين العلميين في المؤسسات العلمية.
التنظيم القانوني لنظام الباحثين العلميين في المؤسسات العلمية يرتكز على: (أولا) القانون الأساسي: قانون رقم 69 لسنة 1973 بشأن نظام الباحثين العلميين في المؤسسات العلمية. (ثانيا) القوانين الأخرى ذات الصلة: قانون تنظيم الجامعات (رقم 49 لسنة 1972)، وقانون الخدمة المدنية، وقرارات وزارية وتنفيذية تحدد التفاصيل. الأمر الذى تتضح معه الأهمية القصوى للوائح التنفيذية المختلفة باختلاف طبيعة كل مؤسسة علمية، استنادا الى قانون رقم 69 لسنة 1973 والقوانين ذات الصلة.
